От средата на 16 век, по времето на воюващите феодални княжества, постепенно на повърхността изплува движение, което се обявява за обединяването на страната. То бива водено последователно от трима лидери - Ода Нобунага (1534-1582), Тойотоми Хидейоши (1537-1598) и Токугава Иеясу (1543-1616). Кратката вълнуваща епоха, когато Хидейоши и Нобунага установяват военен контрол над страната и налагат нови реформи над феодалните институции, е известна като Адзучи-Момояма  (1568-1600). 
Хидейоши има планове да завладее Корея и да установи една нова устойчива династия, но той става свидетел как неговите корейски завоевания завършват с жесток провал. Смъртта му през 1598 г. оставя неговия наследник уязвим в ръцете на съперниците му даймьо (даймьо-феодален княз). Един от тях, Токугава Иеясу, след пълна победа над войните на Тойотоми в битката при Секигахара (1600 г.), придобива званието шогун (върховен главнокомандващ). Именно той установява могъщ и устойчив шогунат в град Едо, с което започва периодът Едо (Токугава) в Японската история. 
Победата на Иеясу го дарява с превъзхождаща власт и му позволява да промени политическата карта на страната в структура, известна като “бакухан” (шогунат и имения). При тази система, шогунатът Токугава пряко установява контрол над град Едо, докато даимьо управляват повече от 250 имения (хан). Иеясу и неговите последователи успяват да поддържат тази силна централизирана феодална стуктура, като:
- запазват равновесието между именията на князете; 
- засилват различията в статуса на самураи, търговци, занаятчии и селяни; 
- учредяват система на периодична служба(за 1 година) на феодалните владетели(князе) в Едо, наречена “санкин коотай”. На практика това означава, че те са били в качествето на заложници на шогуна, така че да не могат да вдигат бунтове и да се противопоставят на систевата; 
- премахване на християнството, което определено тогава играе ролята на идеология на проникването на Запада(в случая Португалия) чрез приелите християнството даймьо и колонизирането на страната; 
- контрол на контактите с външния свят, особено със Запада; 
- привеждат в сила наредби относно самураите, благородниците и храмовете. Тази структура е управлявана от самураите, като тя силно разчита на данъците, събирани от селячеството, но също така и дава възможност на търговците от градовете Едо, Киото и Осака с пълна свобода да развиват търговията и градската култура. 
До 1800 г. системата Токугава проявява много симптоми на напрежение дори преди предизвикателствата на външния свят да подложи на тест стария установен ред, който в крайна сметка се проваля. 
Постепенно, обаче, започва процес на структурно разминаване на политическата и икономическата система на тази епоха . Икономическото единство, постигнато от вътрешния пазар, не съвпада с политическата централизация, а политическият елит е лишен от икономическите умения, за да се справи с новите сили. Твърде често се налага бакуфу (правителството на шогуната да се справя с нови и нови проблеми. 
Финансовата криза оказва най-голямо влияние върху по-нискостоящите самураи, на които се налага да превръщат възнаграждението си под формата на ориз в пари в наличност и които постоянно са изложени на произвола на нестабилния пазар, който те не разбират. Самураите са разгневени от несъответствието между теоретичната възвишеност на техния статут и реалността на нищетата им. Недоволството им фокусира не толкова върху системата Токугава, колкото върху некомпетентността и корупцията на лидерите. Противоположно на тях, градските търговци и провинциалните предприемачи са икономически преуспели и политически покорни. Селското недоволство намира израз в пораждането на бунтове и анти-бакуфу движения. Създава се атмосферата на социално-икономическа безизходица и дезинтеграция на властта. В отговор на финансовата и социалната криза, бакуфу полагат големи усилия да въведат реформи като свиване на икономиката, бюрократична реформа и морално превъоръжаване, както и някои новаторски икономически и социални курсове на политика. За да са справят с икономиката, земеделието бива насърчавано, а търговската политика бива изменена. Реформите са най-успешни в големите и заможни имения Чьошу и Сацума, като тези имения изиграват решаваща роля в окончетелното сваляне от власт на шогунатаТокугава.